Ursache der Flut war eine so genannte Vb-Wetterlage, die ausgedehnte Starkniederschläge in den tschechischen und polnischen Gebirgsregionen längerer Dauer auslöste. Am 10. Juli waren weite Landesteile überflutet und tausende Menschen obdachlos.
Für den Grenzoderabschnitt gab das Landesumweltamt Brandenburg am 8. Juli eine Hochwasserwarnung heraus; am 14. Juli wurden für die betroffenen Landkreise und die Stadt Frankfurt (Oder) Alarmstufe I ausgerufen. Brandenburg erreichte die Flut am 17. Juli bei Ratzdorf, am Zusammenfluss von Oder und Neiße. Mit 6,20 Meter stand der Pegel fast 3,5 Meter über den langjährigen Sommerwerten. Vorsorglich wurden die niedrigsten Deichstrecken erhöht. Eine zweite Hochwasserwelle, verursacht durch erneute starke Regenfälle, erfolgte vom 18. bis 21. Juli im oberen Odereinzugsgebiet. Deiche wurden aufgeweicht; der Wasserdruck betrug sechs Tonnen je Quadratmeter. Am Oder-Spree Kanal in Eisenhüttenstadt kam es zu Rissen der Deichkrone. Sicherheitsmaßnahmen mit Sandsäcken und Faschinen verhinderten einen Deichbruch. Erste Evakuierungen in Aurith und der Ernst-Thälmann-Siedlungen begannen; im Oderbruch wurde das Vieh in Sicherheit gebracht. Der Deich bei Brieskow-Finkenheerd brach am 23. Juli auf einer Breite von anfangs 70 Metern, später auf 200 Metern durch die hohe Fließgeschwindigkeit aufgrund des Höhenunterschiedes zwischen Oder und der Ziltendorfer Niederung. Am 24. Juli brach etwa 9 Kilometer weiter der Deich bei Aurith. Somit war die Überflutung der 5.500 Hektar großen Ziltendorfer Niederung nicht mehr aufzuhalten. Am 27. Juli erreichte der Pegel 6,57 Meter Rekordhöhe in Frankfurt (Oder). Im nördlichen Oderbruch bei Hohenwutzen wurde vorsorglich die Evakuierung von 6.500 Menschen angeordnet. Der Deich war durch zwei Brüche zusammengestürzt und auf 150 Meter Länge entstanden 6 bis 7 Meter tiefe und 25 Meter breite Löcher. Ununterbrochen brachten Hubschrauber tausende Sandsäcke, die Soldaten in der Bruchstelle aufschichteten. Von Tauchern wurde der Deich von der Wasserseite mit Folie abgedeckt, so dass er gehalten werden konnte. Im August blieben die gefährdeten Deichabschnitte unter Kontrolle. Der Pegel sank nur langsam, da das Flussbett der Oder ein geringes Gefälle aufweist und das Wasser aus den Nebenflüssen nachrückte.
Während die Bundeswehr gemeinsam mit dem THW und den örtlichen Feuerwehren die Aufräumarbeiten aufnahm, begann das Landesumweltamt Brandenburg den Wiederaufbau der zerstörten Deichabschnitte vorzubereiten. Noch im September 1997 wurde an zwölf Deichbauvorhaben mit den Bauarbeiten begonnen. Schwierigkeiten ergaben sich durch die Untergrundverhältnisse der aufgeweichten Deiche und Munitionsfunde aus dem Zweiten Weltkrieg. Ende November 1997 konnten die letzten Bauvorhaben abgeschlossen werden.
